В 1986 году правительство СССР впервые за всё время заключения Гесса рассмотрело вопрос о возможности его освобождения по гуманитарным соображениям. Осенью 1987, в период председательствования Советского Союза в Международной тюрьме Шпандау, предполагалось принять решение о его освобождении, «проявив милосердие и продемонстрировав человечность нового курса» Горбачёва.
17 августа 1987 93-летний Гесс был найден мёртвым в беседке во дворе тюрьмы с электрическим проводом на шее. После него осталась записка завещательного характера, вручённая его родственникам через месяц и написанная на обороте письма от родных:
«Просьба к директорам отправить это домой. Написано за несколько минут до моей смерти. Я благодарю вас всех, мои возлюбленные, за все дорогие вещи, которые Вы сделали для меня. Скажите Фрайбург, что я чрезвычайно сожалею, что начиная с Нюрнбергского суда я должен был действовать так, как будто я не знал её. Я не имел выбора, так как иначе все попытки обрести свободу были бы напрасны. Я так ждал встречи с ней. Я действительно получал её фото и Вас всех. Ваш Самый старший».
По заявлению его сына Вольфа-Рюдигера Гесса, «анализ формы, стиля, фактуры и содержания письма свидетельствует о том, что этот текст действительно был написан Гессом, но в 1969 году, почти двадцатью годами ранее, когда он из-за состояния здоровья готовился к смерти. Однако в то время письмо не было отослано, впоследствии оно было изъято администрацией и использовано для создания поддельного письма, которое должно было подтвердить его самоубийство[2]».
По официальной (англо-американской) версии, Гесс покончил с собой путём удушения.
Некоторые, включая его родственников, утверждают, что он был убит, а записка подделана. Сторонники версии об убийстве Гесса строят разные гипотезы относительно того, кому (Великобритании) и зачем (чтобы не стали известны переговоры Черчилля с Гессом во время войны) была выгодна его смерть.
Вольф Рудигер Гесс: "Никаких сомнений у меня нет. Именно в том году отца могли помиловать, и он вышел бы на свободу. Ранней весной восемьдесят седьмого отец сам говорил мне: «Советы согласны меня выпустить, а значит, англичане меня убьют[3]».
В день смерти, 17 августа, в тюрьме Шпандау не было ни одного представителя администрации от СССР[4].
Официальное заключение писали англичане[5].
В течение двух суток после смерти Гесса по приказу английской администрации тюрьмы была снесена летняя беседка, где его нашли мертвым, уничтожены все вещи Гесса, его фотографии, дневники и записные книжки. Не осталось никаких вещественных доказательств[6]. В течение менее чем года после смерти историческая тюрьма Шпандау также была снесена, на её месте построен бизнес-центр.
Профессор Вольфганг Шпан, ведущий патологоанатом Института судебной медицины: «При повешении странгуляционная полоса неминуемо уходит вверх в том месте, где верёвка или кабель поднимаются к точке своего крепления. На посмертных фотографиях Гесса хорошо видны следы на шее — они проходят параллельно. Могу сказать совершенно определённо — это не было самоубийством[7]».
Медбрат Гесса Абдулла Мелахои (Мелауи) 17 февраля 1994 года под присягой показал, что в день смерти узник Гесс находился в нормальном физическом и моральном состоянии. По прибытии в летний домик он обнаружил в нем полный беспорядок и следы борьбы. В домике находились двое военнослужащих в американской военной форме, которых он ранее никогда на территории тюрьмы Шпандау не видел. Аппаратура для оказания первой помощи была испорчена[8].
Гесс умер последним из всех лидеров нацистов. День смерти Гесса является датой встреч неонацистов в Германии, и его фигура окружена среди них своеобразным культом. Гессу посвящена песня «Rudolf Heß» неонацистской группы Landser.
В 2017 году станут общедоступными материалы по делу (досье). Британское правительство засекретило эти важнейшие данные хода Второй мировой войны и обещало рассекретить через 30 лет после его смерти.