Я не вижу противоречия. Многие элементы сталинской политики были отменены, многие остались, некоторые в меньшей объеме.
Один из главных элементов государственного антисемитизма в СССР - это кадровая политика. Процент евреев на высоких должностях падал, уже с конца 40-х годов он был ниже, чем их процент в населении Союза. Во времена Хрущева это падение не только не остановилось, но и продолжалось практически теми же темпами. В системе, где все назначения идут сверху, это очень сложно объяснить иначе, чем осознанная (или полуосознанная) государственная политика.
(Это я утром из любопытства пролистал книжку в библиотеке Pinkin. The Soviet Government and the Jews 1948-1967. Старая, конечно, 1984, первое, что попалось. Там просто есть интересная глава со статистикой процента евреев в различных органах власты или псевдо-власти (различные советы депутатов)).
Давайте я подитожу (я не могу продолжать ввиду слабого владения конкретным материалом и, если честно, не такого высокого интереса к теме, чтобы копаться и искать). Насколько я вижу, в всех книгах, которые мне пока попадались, утверждается, что государственный антисемитизм во времена Хрущева существовал, хотя он был и не такой "кровавый", как при Сталине, и не сопровождался идеологической компанией. Кроме того, большинство упоминают личный антисемитизм самого Хрущева (от которого он впоследствии открещивался, но который следует из некоторых его очень специфических высказваний). Мне не знакомы подробные исследования по этому вопросу, и я буду благодарен, если Вы их знаете и укажете. Если в них будет написано другое, я скорректирую свое мнение.