Уничтожение еврейского населения, которое было объявлено главным носителем большевистской идеологии, началось сразу же после начала войны. Эти акции производились айнзатцгруппами, во многих местах в них также принимало участие местное население. Физическое уничтожение евреев стало качественно новым этапом в антиеврейской политике нацистов. Первоначально она сводилась к лишению евреев гражданских прав, запугиванию и вытеснению их из рейха. После захвата Польши еврейское население стали сосредотачивать в "гетто", названных так по аналогии со средневековыми городскими кварталами, в которых проживали евреи. Массовые расстрелы в первые месяцы советско-германской войны (их мрачным символом является расстрел в Бабьем Яру в Киеве в конце сентября 1941г нескольких десятков тысяч еврейских жителей украинской столицы) положили начало третьему и самому трагическому этапу практического нацистского антисемитизма, получившему название "окончательное решение еврейского вопроса". Что побудило нацистских лидеров начать тотальное, без разбора пола и возраста, а также степени угрозы или полезности индивида, которую он представлял для Германии, истребление евреев? Мотивы нацистов до конца не ясны и служат объектом многочисленных предположений и теорий. Условно весь комплекс этих предположений можно разделить на два направления. Представители первого, обычно называемого интенционалистским (intencia-намерение) делают упор на то, что антисемитизм с самого начала являлся стержнем идеологии нацизма, на который "нанизывались" её остальные элементы. Поэтому, считают историки-интенционалисты, "окончательное решение" стало закономерным и единственно возможным итогом политики, опирающейся на данную идеологию. В свою очередь, сторонники второго направления, именуемого "функционалистским" делают упор на неизбежную логику войны и функционирование сложной бюрократической машины Третьего рейха. По мнению функционалистов, переход к политике истребления еврейского населения стал возможным именно в таких условиях и имел вполне рациональные причины. Они были связанны с необходимостью экономить ресурсы, военной неразберихой, стремлением различных ведомств повысить свой вес, желанием упорядочить террор и т.д. Но, как бы то ни было, подобные акции истребления постепенно охватили всю оккупированную территорию СССР. В январе 1942г в Берлине было проведено совещание ответственных за решение "еврейской проблемы" высших представителей нацистской бюрократии, получившее название "Ванзейской конференции", на котором были озвучены планы полного изгнания еврейского населения Европы. Хотя протокол этого совещания содержал эвфемизмы, затушёвывающие истинный смысл звучащих на нём предложений, некоторые из них (например – «подвергнуть евреев специальному обращению») убеждают исследователей, что речь идёт именно о планируемом массовом убийстве еврейского населения Европы, а не только об их депортации. Да и депортировать такую массу людей в 1942г, когда Красная армия перешла в контрнаступление, стало уже некуда.
Уничтожение стало производиться индустриальным методом. Для этого в рамках чрезвычайно разветвлённой системы концентрационных лагерей рейха появились специальные лагеря уничтожения. Там умерщвление людей производилось как с помощью "традиционных" расстрелов и повешений, так и с помощью удушающих газов, а также голодом и непосильным трудом. Иногда такие "комбинаты смерти" сооружались специально (например, лагерь "Треблинка" близ Варшавы), иногда они были частью более крупных лагерных комплексов, как Аушвиц-Биркенау, входивший в состав самого крупного такого комплекса Аушвиц (польское название - Освенцим). В последнем в течение трёх лет было умерщвлено, по разным оценкам, от 1 млн. До 1,3 млн. Человек, большая часть которых были евреями. Всего же жертвами "окончательного решения еврейского вопроса" стали, по разным оценкам, от 3 до 6 миллионов человек.
В 60-70-е годы трагедия еврейского населения Европы в западных странах стала рассматриваться как одно из ключевых событий Второй мировой войны. Появился даже специальный термин "Холокост", означающий по-гречески "всесожжение" (одно из выражений, встречающихся в Библии). Проблематика Холокоста оказалась в центре не только исторических, но и идеологических баталий. В попытках противостоять "историографии победителей" некоторые историки стали пытаться отрицать существование целенаправленной политики уничтожения еврейского населения, проводимой Германией. Среди мотивов этого "отрицания Холокоста" были в т.ч. И симпатии к нацизму, и антисемитские убеждения отдельных исследователей. С другой стороны, Холокост по-прежнему остаётся историческим сюжетом, в котором далеко не всё ясно. Поэтому попытки взглянуть на него с различных сторон, дать разные объяснения, являются вполне легитимными как с научной, так и с моральной точек зрения. Любые попытки наложить табу на его обсуждение вызывают и будут вызывать возмущение. И уж совсем недопустимым является стремление выяснять историческую истину путём привлечения оппонентов к суду. Между тем в некоторых странах действует уголовная ответственность за публичные выражения сомнения в тех или иных аспектах Холокоста.
