Создана в 1989 г. Первым заведующим и основателем кафедры был В.Н.Латышев, профессор МГУ им. М.В.Ломоносова. С 1991 г. по сентябрь 1994 г. кафедрой руководил профессор, д.ф.-м.н. А.Р.Кемер. C 1994 г. кафедру возглавляет профессор, д.ф.-м.н., декан ММФ С.П.Мищенко.
Свой первый рабочий день 30 августа 1989 г. кафедра встретила в составе трех человек: профессора МГУ В.Н.Латышева, к.ф.-м.н. А.В.Касянчука и к.ф.-м.н. С.П.Мищенко. Позднее в состав кафедры входят к.ф.-м.н. А.Б.Веревкин, д.ф.-м.н. А.Р.Кемер, к.ф.-м.н. С.В.Охитин, к.ф.-м.н. В.М.Петроградский, к.ф.-м.н. О.П.Кругликова.
За 13 лет двое сотрудников кафедры С.П.Мищенко (в 1992 г.) и В.М.Петроградский (в 2001 г.) защитили докторские диссертации, а 7 выпускников кафедры кандидатские диссертации.
Основные направления научных исследований кафедры - свойства линейных алгебр и их многообразий, комбинаторика, некоммутативная геометрия, компьютерная алгебра, теория кодирования, программирование алгебраических пакетов, а также Internet-технологии.
Кафедра сотрудничает с коллегами из российских университетов, зарубежных вузов Италии, Израиля, Болгарии, Канады, Германии. Традиционно крепки связи с Московским государственным университетом.